1.MF方法
水分析的典型的MF方法是通过使已知体积的水通过孔径足够小以消除细菌细胞（通常为0.45μm）的无菌膜过滤器来进行的。然后将过滤器无菌地转移到琼脂板的表面或用合适的选择性培养基饱和的吸收垫。允许在过滤器的表面上发育，并且可以直接计数和检查。MF方法快速且易于执行，需要很少的孵化器空间，并且可以处理非常大量的水。在过去30年中两虫检测系统已经成为用于指示生物的水的微生物检查的方法。
2.快速检测方法
虽然微生物水分析的大多数人仍然依赖于传统的培养方法和MF方法。但获得结果所需的时间比较长，对于一些特定的微生物我们可以使用一些快速分析法，比如利用定量PCR（QPCR）技术的方法可以快速检测指示生物菌和特定病原体，尤其是在MF分析法相结合时是快速有效的手段，但检测一些没有活性细胞时数据会偏高。
为什么要进行？“两虫”检测：
首先，便于协调调整水处理方案，水中的两种昆虫越多，就需要进行更多的水中的含量。
第二，保护公众，因为两种昆虫会影响饮酒者的健康，后的费用远高于预防费用；
此外，供水公司一旦发生大规模，必须承担相应的法律责任。
“两虫”的防控：
水是人类生存的基础。从饮用水安全的角度出发，要注意两种昆虫对人体健康的危害，加强从到用水点的全过程控制和灭活，尽量减少“两虫”危害。
饮用水处理中使用的常规氯消毒剂不能有效地两种昆虫。在反渗透法中，反渗透法.膜过滤法.冻融成本高，不适合大规模应用。紫外线法能有效灭活两种昆虫，但紫外线穿透力较弱，不利于在较深的水层灭活两种昆虫。在化学方法中，臭氧氧化法对两种昆虫的灭活效果好。多种消毒剂联合使用，通过协同作用可以达到较高的灭活率。
两虫检测方法：
滤膜浓缩/密度梯度分离荧光法
范围：
生活饮用水和水源水中贾第鞭毛虫、隐孢子虫的测定。
原理：
首先通过微孔滤膜法过滤水样浓缩样品或加入氯化钙溶液和碳酸氢钠溶液形成碳酸钙沉淀浓缩样品，将浓缩后的样品通过密度梯度离心进行分离纯化，然后将纯化后的样品经荧光染色，通过荧光显微镜对贾第鞭毛虫孢囊、隐孢子虫卵囊进行定性分析和定量检测；具有高藻、高有机质和高絮凝剂含量的水源水样本应先进行前期处理。
两虫检测自动识别系统在卫生疾控、供水系统、第三方检测、环境监测等领域具有广阔应用前景，能够为我国从到供水安全保障中两虫防控提供支持，解决我国饮用水两虫检测过程中检测成本高、人工识别存在主观性、设备及耗材依赖进口等诸多问题。