产地不同：普通鸭蛋大部分都是在内陆小湖小泊中人工养殖的鸭子产的蛋，海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋。
喂食饲料不同：普通鸭蛋一般以人工饲料或者湖中的淡水鱼为食，为了保证其质量以及产蛋的数量，一般主要还是人工饲料为主，而海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋，其主要以海中的小鱼、小虾、小螺以及小蟹为食，无添加，这种海鸭十分肥美。
营养价值不同：食用海鸭蛋对人体多么有益，关键是其营养不仅丰富，但是其胆固醇含量还只是鸡蛋的50%，而普通鸭蛋营养价值就比海鸭蛋营养价值就逊色很多。
咸鸭蛋的腌制方法：
把洗干净的鸭蛋泡在水中，水中加点白醋，4:1或5:1随便。泡15分钟左右用海绵把鸭蛋一个一个擦一遍。会发现鸭蛋壳脱了一层皮，然后用清水冲干净。
鸭蛋擦干，放一边晾会儿。
找个瓶子（这里用的瓶子正好能腌21个鸭蛋）用瓶子接一半的自来水，只能少不能多，把自来水、香料统统倒入锅中烧开。烧开后放盐，盐都化了（饱和状态）关火晾凉。把瓶子擦干，先放鸭蛋。再倒入晾凉的盐水，那些香料也统统倒入，然后放一勺白酒，静等30天。
为什么咸鸭蛋的蛋黄不咸，蛋白那么咸呢？
盐通过蛋孔作用于蛋白膜，蛋白膜在渗透压的作用下，使盐进入蛋白内；当蛋白内的盐浓度达到一定程度时，盐在蛋黄膜表面产生强大的渗透压，钠离子和氯离子经过这层膜进入到蛋黄内，使蛋内的盐含量随着腌制时间的延长而增加,尤其是蛋白含盐量增加幅度大； 而蛋黄因脂肪含量高，会阻碍盐的渗透性和扩散性，造成蛋黄含盐量相对蛋清较低。蛋内与料液之间的渗透压达到基本平衡时，盐在蛋内的渗透和扩散作用呈动态平衡状态。